OligoFormer:AI4S/OligoFormer是基于PyTorch的开源项目，支持RNA相关任务。依赖Python 3.10、Torch 2.6.0等组件，提供便捷环境配置，含训练与预测功能，可快速部署，助力RNA研究高效开展。【此简介由AI生成】

组件版本

hdk：24.1.RC3
cann：8.2.RC1
python：3.10
torch：2.6.0
torch-npu：2.6.0

拉取模型代码

git clone https://atomgit.com/AI4Science/OligoFormer.git

环境准备

1. 新建conda环境
conda create --name OligoFormer python=3.10
conda activate OligoFormer

2. 安装依赖
pip install -r requirements.txt
pip install torch_npu==2.6.0

导入RNA-FM

wget https://cloud.tsinghua.edu.cn/f/46d71884ee8848b3a958/?dl=1 -O RNA-FM.tar.gz
tar -zxvf RNA-FM.tar.gz

流水优化

export CPU_AFFINITY_CONF=1
export TASK_QUEUE_ENABLE=2

高性能内存库替换

yum install gperftools gperftools-devel

# 确认一下tcmalloc动态库的位置
rpm -ql gperftools-libs

# 设置tcmalloc为优先加载，具体路径通过上面命令获取
export LD_PRELOAD="$LD_PRELOAD:/usr/local/lib/libtcmalloc.so"

训练

#The following command take ~60 min on a V100 GPU
python scripts/main.py --datasets Hu Mix --cuda 0 --learning_rate 0.0001 --batch_size 16 --epoch 200 --early_stopping 30

预测

python scripts/main.py --infer 1 -i1 data/example.fa

组件版本

hdk：24.1.RC3
cann：8.2.RC1
python：3.10
torch：2.6.0
torch-npu：2.6.0

拉取模型代码

git clone https://atomgit.com/AI4Science/OligoFormer.git

环境准备

1. 新建conda环境
conda create --name OligoFormer python=3.10
conda activate OligoFormer

2. 安装依赖
pip install -r requirements.txt
pip install torch_npu==2.6.0

导入RNA-FM

wget https://cloud.tsinghua.edu.cn/f/46d71884ee8848b3a958/?dl=1 -O RNA-FM.tar.gz
tar -zxvf RNA-FM.tar.gz

流水优化

export CPU_AFFINITY_CONF=1
export TASK_QUEUE_ENABLE=2

高性能内存库替换

yum install gperftools gperftools-devel

# 确认一下tcmalloc动态库的位置
rpm -ql gperftools-libs

# 设置tcmalloc为优先加载，具体路径通过上面命令获取
export LD_PRELOAD="$LD_PRELOAD:/usr/local/lib/libtcmalloc.so"

训练

#The following command take ~60 min on a V100 GPU
python scripts/main.py --datasets Hu Mix --cuda 0 --learning_rate 0.0001 --batch_size 16 --epoch 200 --early_stopping 30

预测

python scripts/main.py --infer 1 -i1 data/example.fa