AI4S/Boltz-1
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组件版本

hdk: 25.0.rc1.1
cann:8.1.RC1
python:3.11.6
torch:2.3.1
torch_npu:2.3.1.post6

环境准备

  • 创建虚拟环境
conda create -n Boltz-2 python=3.11.6
  • 安装基础依赖
pip install pyyaml numpy decorator attrs psutil
  • 安装torch_npu
pip install torch==2.3.1

wget https://gitee.com/ascend/pytorch/releases/download/v7.0.0-pytorch2.3.1/torch_npu-2.3.1.post6-cp311-cp311-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl

pip3 install torch_npu-2.3.1.post6-cp310-cp310-manylinux_2_17_aarch64.manylinux2014_aarch64.whl
  • 安装 boltz
pip3 install boltz[cuda] -U

推理前准备

  • 导入torch_npu
vi /root/miniconda3/envs/Boltz-2/lib/python3.11/site-packages/boltz/main.py
import torch_npu
from torch_npu.contrib import transfer_to_npu
  • 修改lightning_fabric
vi /root/miniconda3/envs/Boltz-2/lib/python3.11/site-packages/lightning_fabric/accelerators/cuda.py
找到_is_ampere_or_later函数,注销原始代码,直接返回True,保存退出。
  • 修改测试用例
cd boltz
vi ./example/affinity.yaml
在protein A的sequence下面新增一行
msa:./example/msa/seq1.a3m

推理

  • 源 cann
source /usr/local/Ascend/ascend-toolkit/set_env.sh
  • 运行
boltz predict ./examples/affinity.yaml --use_msa_server